车站楼层
梅花园站共设有三层,地面为广州大道北、梅园新村以及其它建筑,地下一层为站厅层;地下二层为车站设备层;地下三层为3号线月台层。
站厅
梅花园站站厅收费区位于站厅东侧处,收费区内设有一台专用电梯、三条扶手电梯及一组楼梯供乘客往返月台。站内设置便利店、面包糕饼店、洗衣店,以及自动售卖机、民生银行自动柜员机、羊城通充值机等,商店主要是在站厅非收费区。另外车站内亦设有“好易”自助服务、自动售卡/充值机等自助服务。
月台
梅花园站设有一个岛式月台,位于广州大道北地底。
出入口
梅花园站共设有两个出入口,相距仅约150米,且均位于广州大道北东侧,来往广州大道北西侧的乘客需到出入口附近的人行横道过街。