氢原子百科 是温瑞安小说中体系最庞大，武功最奇幻，高手最多，作为主人公的人数最多的门派。
由斩经堂的第七代弟子韦青青青创立，已历经四代，代表人物有神候诸葛正我、天下四大名捕、王小石、沈虎禅等。
自在门门规不似一般帮会严密，多以侠义为准绳，所以常被作者刻画为正面人物（元十三限一系为例外）。
人物榜
自在门人物分为三类，一是创派者，其次是以第二代弟子为首分成四系的弟子类，最后是后加入者类。
创派者
1.临风布阵丁郁峰
斩经堂的第六代弟子，因不被掌门师兄随风布意龙百谦重视而离开了经堂一生默默练功，与弟子韦青青青一起将风刀霜剑千零一式揉合成一招——千一，可说是第0代弟子。
2.韦青青青
冠绝天下的一代奇侠，与其师丁郁风练成了刀招剑招合一的千一，又自创恨拳愁掌爱极拳恨极掌及轻功赶雨步法等，并一手创立了自在门。他一生收了四个弟子——懒残大师叶哀禅，天衣居士许笑一，诸葛正我，元十三限。
3‧梁任花
斩经堂第七代掌门淮阴张侯的妻子，对韦青青青颇有好感，但深爱其夫。
后受张侯猜疑，最终与韦青青青共闯江湖。
弟子类
A：叶哀禅一系
1.叶哀禅
韦青青青的首徒，叫声如龙吟，与其他三个师兄弟合称老四大名捕，后看破红尘，云游天下，自号懒残大师，武功不详，但已知著有《自创剑谱》。
2.沈虎禅
懒残大师的弟子，七大寇之首，练成了禅刀，以刀除恶，是类似于黑暗公正的人物，是第三代弟子代表人物之一。
3.边惜鞋
《落叶新芽》的主人公，偶得懒残大师的《自创剑谱》，可算半个自在门的弟子。
B：天衣居士一系
1.许笑一
韦青青青的次徒，叫声如鹤唳。他因先天经脉太弱而无法练成绝世神功，后又任督二脉受伤而功力大打折扣，但在四师兄弟中机关、阵法、奇门遁甲研究最深，他长年居于白须园内，自号天衣居士。后死于师弟元十三限的伤心小箭之下，身怀小销魂剑小相思刀破气神功等武艺，并能以刹风景大曼荼罗法阵等阵法困敌.
2.王小石
天衣居士的弟子，《说英雄谁是英雄》系列的主人公，早年与苏梦枕和白愁飞结拜，加入金风细雨楼，后自立象鼻塔。在除叛逆的结义二哥白愁飞后，受大哥苏梦枕遗命掌管金风细雨楼，诛杀了奸相傅宗书，又杀四师叔元十三限为师父报仇，但多次因被朝庭通辑而流浪江湖。身怀凌空销魂剑隔空相思刀大移花接木神功飞石等绝学，又学得一些伤心小箭的秘诀。拥有黑面蔡家打造的挽留奇剑和一块紫水晶，并常以石头为武器，从作者对他经历、性格、长相等方面的描写看，他是作者的化身，故亦是第三代弟子中较杰出的一员。
3.火孩儿蔡水铎、唐宝牛、饭王张炭、白驹过隙方恨少等人。武功上皆受过天衣居士的点拨，是他的不挂名弟子。
C：诸葛小花一系
1.诸葛正我
韦青青青的第三徒，天下四大名捕的师父（四大名捕称之为世叔），被认为是四弟子中武学成就最高的一人，叫声如犬吠。他一生为朝庭效力。他早年身为老四大名捕的一员，惩恶扬善，追拿扰乱民间的凶徒，恶霸。也因多次救架有功被任命为御前侍卫总管。被封为神侯后与其门下弟子团结朝野正道力量对抗蔡京，使蔡京等六大奸臣也对之畏惧。其师弟元十三限因多次误会及妒其运道好而与之不和，两人又因同爱上智小镜而更生分歧。但两人间的两次决斗诸葛皆获胜。他自创的惊艳一枪已是神州无敌，还身负佛掌半段锦等绝学，更以使身体中产生空洞的奇功多次战胜敌人。
2.无情（盛崖余）
四大名捕之首。其年幼时家遭灭门，自身双腿被废，巧遇诸葛神侯收养，在四大名捕之中是第一个入门，故为首徒。他性格内向，看似无情，实是多情。他练成破气神功，又深悉机关之法，故无腿而轻功冠绝天下，无内力而以暗器（明器）与唐门分庭抗礼，加之机敏过人，被认为是四大名捕中最难对付的一人。他的暗器有六角锉火怜弹丧门钉铁鸡爪蓝羽箭白骨追魂钉顺逆神针萤火元宝流星七杀蜈蚣镖活杀透骨钉暴雨梨花钉等，他的小轿更是一个活动的堡垒。
3.铁手（铁游夏）
四大名捕之二，带艺投师，是二师兄。他生性端厚，但不失变化。他的武功以一双刀枪不入，百毒不倾的铁手为主，加之内力深厚，故是四人中较具实力的一人。会使隔山打牛隔牛打山半段锦等武功。
4.追命（崔略商）
四大名捕之三。其母太平门梁家的外系弟子烟水寒梁初心在怀他时中了七苦神拳故他一出生就受了内伤，且得名崔内伤，他的第一个师父老字号温家高手三缸公子温红约治好了他的伤，却使他上肢无力，两腿发达，并离不了酒，曾投靠于君无戏言舒无戏，后拜诸葛神侯为师。
武功有太平门梁铁舟的追命腿法，自创酒箭，轻功高强，被他追上了就跑不了。
5.冷血（冷凌弃）
四大名捕之末，自小被弃于山中，喝狼奶长大，后为诸葛神侯收养。他嫉恶如仇，对敌时招招博命，是四大名捕中最让敌人胆寒的人。剑法以博为主，刹手锏为”断剑“”弃剑“”手剑“三式
6.风云刀白可儿，银河剑何梵，白骨阴阳剑陈日月（点穴），阴山铁剑叶告（医术），四人为无情的四个童子，亦算无情的弟子（原金剑已亡）。
D：元十三限一系
1.元十三限：韦青青青的第四徒，叫声为狼嚎。早年身为老四大名捕的一员而除奸扬善，后因与诸葛神侯争功，又机遇不佳而沦为魔道，是黑道中的霸主，并杀了其妻智小镜。他在杀了天衣居士后，被诸葛神侯的惊艳一枪重伤，又因违门规使用已授与徒弟的武功而遭内力反噬，为保命一气杀死鲁书一，燕诗二，赵画四，叶棋五，齐文六等五名弟子，众叛亲离时自愿的死于王小石之手。他身怀数项绝艺：起，承，转，合一线杖气势之剑锉拳丹青腿一喝神功仇极掌恨极拳大摔碑法飞星传恨剑君不见剑诀飞流直下，平地生雷化影分身大法独活神功缩丈放寸大法伤心神箭。
2.六合青龙（六人的六合青龙阵专克诸葛小花）
（1）鲁书一：元十三限的弟子，习得大摔碑法，并以书页伤人，甜山一役为其师所杀。
（2）燕诗二：元十三限的弟子，习得飞星传恨剑，与冷血力战，不分胜负，甜山一役为其师所杀。
（3）顾铁三：元十三限的弟子，习得锉拳，与铁手对敌，甜山一役后背叛其师元十三限。
（4）赵画四：元十三限的弟子，习得丹青腿，与追命比试轻功和腿法，甜山一役为其师所杀。
（5）叶棋五：元十三限的弟子，习得飞流直下，平地生雷，以飞棋伤人，曾假冒无情，甜山一役为其师所杀。
（6）齐文六：元十三限的弟子，习得君不见剑诀，甜山一役为其师所杀。
3.天下第七文岸雪：元十三限最喜爱的弟子，习得气势剑仇极掌恨极拳三大绝学，又自其父文章处得到一筒九天十地十九神针，自雷家得到火虎，成为蔡京的爱将，是一个万人恨的角色。他杀死了天衣居士之子天衣有缝许天衣，导致了天衣居士和神针婆婆的死，间接引发了元十三限与诸葛小花的对决。他于甜山一役之后背叛了元十三限，在刺杀戚少商时为无情所擒获，最终为方应看所杀。
后加入类
1.织女（神针婆婆）：许笑一的发妻，因怀疑许笑一和智小镜愤而出走，在外生下了天衣有缝许天衣。甜山一役中和许笑一皆死于元十三限的箭下。
2.天衣有缝许天衣：许笑一和织女的儿子，洛阳温晚的爱将。他入京寻找温晚的爱女温柔，却被天下第七所杀。
3.智小镜：元十三限，诸葛神侯一生最爱的女人，七绝剑神的主人智高的女儿。她深爱诸葛小花，但诸葛小花因不忍刺激元十三限而远走。她一怒之下嫁给了元十三限，并助元十三限练成伤心神箭。元十三限练成了伤心神箭后为伤己心，痛杀了智小镜。
武功
自在门一向有个规矩，已授徒弟门人的绝技，自身不可再用。这是个不成文的规例。大家都不明白当日自在门祖师爷韦青青青何以订此规条。
懒残大师说一旦破戒可能会伤元气，诸葛先生认为会造成一种先天性的克制，天衣居士算得一旦用於授门徒的武功会落得日後那门人叛逆自己的报应，元十三限虽觉得无稽，以为是师父用心无非是要徒弟不乱收徒，秘技不传，或旨在促使各人再创新招，光大门户，心虽不信，但一直以来，也不敢轻犯这门规。
特殊
自在门有一种特殊的腹语与蚁语传音。《惊艳一枪》中，元十三限重伤发疯且众叛亲离之时，弟子天下第七暗害他的同时，也曾用自在门的一种特殊的腹语与蚁语传音对其表示要他把绝招伤心小箭传给自己，元十三限则是痛斥他趁火打劫。《四大名捕斗将军：少年追命》中，诸葛正我也曾一方面跟前来行刺他的何平等人对话，但另一方面却同时以蚁语传音向身边的弟子铁手，用腹语与铁手交谈。
自在门也有一种很特别的信号，混在风里，只有“自在门”训练出来的子弟，才能接收得到——对于太高和太低的声波，我们一般人都听不到，只有在听觉里校正了频率才听得见。
亦有门内特殊的联络方法。《惊艳一枪》中，王小石奉命刺杀三师叔诸葛先生时，双方都通过交谈后已明白彼此的意思，后追命与冷血进来（冷血进来时，还向师弟王小石做了一个鬼脸，王小石惊讶之余也明白了他的用意），诸葛先生用他门内特殊的联络方法，通知了他四个徒儿，一切佯作不知、将计就计，不妨照样与六合青龙起冲突，以助王小石计划得成。