巴科伊河(法语:Bakoye),位于非洲西部,是一条跨国河流,发源于几内亚的福塔贾隆山,全长约400公里,流域面积85,000平方公里。巴科伊河流经几内亚和马里,最终在马里的巴富拉贝附近与巴芬河汇流,形成塞内加尔河。巴科伊河是唯一源出几内亚锡吉里地区而不注入尼日河的河流。在曼丁语言中,巴科伊河意为“白河”,巴芬河意为“黑河”,巴洛河意为“红河”。巴科伊河的源头位于海拔760米的梅尼安山脉,河流流向北部,形成几内亚和马里的国际边界。河流在曼丁高原上缓慢流动,然后与其主要支流巴洛河汇合,后者源自巴马科以西。巴科伊河呈季节性变化,每年9月西非季风开始后流量最大,1月至6月间几乎无流量。该河流不通航。