早年生活
继承家督
关原之战
1600年关原之战时期,德川家康命令东北及北陆的大名攻击与西军石田三成内通的会津上杉景胜,利直便以最上义光的后援身份参加庆长出羽合战,但此时却遭同为东军的伊达政宗煽动和贺忠亲于南部领地的和贺郡引起一揆。利直将主力带回到领内后平息该乱(通称岩崎一揆)。战后获德川家康承认领土,成为盛冈藩藩祖,领有10万石。
盛冈藩政
南部利直之后着手于盛冈藩政的整备,开发白根金山与西道金山等矿山来使财政安定。1615年,盛冈城建造完毕,城下町也慢慢形成。因为先前有像九户政实之乱的多数有血缘关系家臣遭处罚的案例,因此利直选择集权独裁化来巩固盛冈藩的基础。
大坂之阵
逝世
1632年,南部利直在江户的樱田宅邸过世,享年57岁。其后三男南部重直继承家督。
儿女
南部利直共有七个儿子和三个女儿,分别是南部家直(长男)、南部政直(次男)、南部重直(三男)、南部利康(四男)、南部重信(五男)、山田利长(六男)、南部直房(七男)、最上义俊正室→中野元庆室(女)、北直爱室(女)、东胤政室(女)。